L’épave a tout d’abord été repérée en Mer de Java par un pêcheur indonésien, à 90 miles marins au nord de la ville de Cirebon (côte nord de Java). Très rapidement, les responsables de la société Cosmix descendus sur le site grâce à un permis d’enquête, ont constaté qu’il s’agissait d’une épave inviolée, protégée des pilleurs à la fois par son éloignement de la côté et par la profondeur de – 57 m à laquelle elle gisait. Les premiers objets recueillis en périphérie du tumulus ont permis de penser que l’épave était celle d’un navire de commerce de la fin du 10e s.
La fouille a eu lieu d’avril 2004 à octobre 2005 (avec une interruption de novembre 2004 à février 2005). Fouille privée, financée par la société Cosmix Archaeological Underwater Research and Recovery et dirigée par Luc Heymans, elle s’est déroulée sous l’égide du Ministère indonésien de la Pêche, en collaboration avec le Ministère indonésien de la Culture. Des archéologues et plongeurs professionnels de plusieurs nationalités, tous hautement qualifiés, encadraient des plongeurs indonésiens qui complétèrent leur formation en cours d’opération. Trente-six plongeurs en tout se relayèrent fréquemment, en raison de la profondeur, qui ne permet que 45 minutes de travail au fond par personne et par jour en deux plongées de 25 min et 20 min (avec 1h 30 de paliers de remontée).
Trop haut et trop vaste pour permettre d’établir un carroyage sans danger pour les plongeurs, le tumulus de l’épave a été entouré d’une chaîne numérotée tous les mètres, à partir de laquelle une autre chaîne était déplacée perpendiculairement afin de relever les coordonnées des objets et de l’épave elle-même. Au total, vingt-quatre mille plongées furent nécessaires. Chaque plongée était réalisée par trois hommes en un endroit précis. Le rythme de travail était de 1 m²/jour ( = 3 m³). Un grand panier métallique contenant des paniers en plastique plus petits et lestés était descendu sur le site à l’aide d’un treuil. Un plongeur maniait la suceuse pour dégager les objets du sable et de la boue; les pièces étaient déposées dans les petits paniers, eux-mêmes déposés dans le grand panier métallique et le tout était remonté. Le plan de l’épave a été relevé.
Un nettoyage à l’eau de mer des objets au-dessus d’un tamis était réalisé dès l’arrivée à bord du bateau de fouille – le Siren - amarré au-dessus du site. Les objets étaient ensuite numérotés et identifiés à l’aide d’une bandelette plastique et emballés dans des filets.
Le problème qui se posait sur le bateau de fouille était d’éviter que les objets, qu’il était impossible de dessaler sur place, sèchent trop rapidement. Ils étaient donc emballés dans de la mèche de coton et placés dans paniers en plastique recouverts de Plastibulle, pour être stockés dans des containers régulièrement arrosés afin de préserver leur humidité. Tous les deux mois, les containers remplis étaient acheminés vers Jakarta et le dépôt de fouille.
Là, les objets étaient installés dans des piscines de dessalement dans de l’eau 100 % douce, changée tous les 5 jours, avec une mesure régulière et des filtres pour enlever les sédiments. Un des collaborateurs indonésiens suggéra de mettre de petits poissons dans les piscines afin d’éviter une invasion de moustiques, une idée simple et efficace ! Une fois dessalés, les objets pouvaient être dessinés et photographiés.
L’ensemble de la cargaison d’environ 500 000 objets a été répertorié par les fouilleurs mais 250 000 objets seulement ont été remontés. Le véritable « magma » de minerais variés identifié au fond de la coque a lui aussi été dessiné et des échantillons prélevés mais il a été laissé in situ en raison de ses dimensions et de son poids.
